互操作性

互操作性#

anndata文件的磁盘表示可以从其他语言读取。这里列出了与AnnData交互的接口,供您选择的语言使用:

R#

  • zellkonverter zellkonverter 提供基于 basilisk 的工具,用于从 h5ad 文件加载到 SingleCellExperiment

  • anndata 提供了 AnnData 的 R 实现以及 HDF5 格式的 IO。

  • MuData 为存储在 HDF5 中的 AnnDataMuData 提供 IO 到 Bioconductor 的 SingleCellExperimentMultiAssayExperiment 对象。

  • MuDataSeurat 提供从 AnnDataMuData 存储在 HDF5 中到 Seurat 对象的输入输出。

朱利亚#

  • Muon.jl 提供了 Julia 对 AnnDataMuData 对象的实现,以及 HDF5 格式的 IO

  • scVI.jl 提供了 AnnData 的 Julia 实现以及 HDF5 格式的输入输出。

Javascript#

  • Vitessce 包含存储为 Zarr 的 AnnData 加载器,并利用此功能提供交互式可视化

镕锌#

  • anndata-rs 提供了 AnnData 的 Rust 实现,并且支持 HDF5 存储格式的高级IO。