配置文件

先决条件

本教程页面需要先完成以下前置教程:

目标

在本教程结束时,您将完成Cromwell配置文件的设置,并使用它来调整Cromwell的运行行为。

开始使用

使用配置文件自定义Cromwell

当Cromwell运行时,它包含大量默认选项,有助于快速上手。例如,默认情况下Cromwell不需要外部数据库,即可在本地机器上运行所有工作流任务。

很快,您可能希望开始将Cromwell运行结果存储到外部MySQL数据库中。或者,您可能希望在组织的计算集群上运行作业,甚至通过Pipelines API在云端运行作业。所有这些对默认设置的更改都将通过配置值来完成。

当您需要设置许多配置参数时,可以在自定义配置文件中进行指定。有关配置文件的详细信息以及示例配置文件的链接,请参阅configuration页面。

配置文件语法

Cromwell配置文件采用HOCON语法编写。有关创建有效配置文件的各种方法,请参阅HOCON文档获取更多信息。

创建您的第一个配置文件

要开始通过配置文件自定义Cromwell,首先创建一个新的空文本文件,例如your.conf。然后在文件顶部添加以下包含语句:

include required(classpath("application"))

Cromwell的默认配置值通过其application.conf文件设置。为确保您始终使用application.conf中的默认值,您必须在新的配置文件顶部包含该文件。

使用您的配置文件运行Cromwell

创建新的配置文件后,您可以通过设置系统属性config.file将路径传递给Cromwell:

java -Dconfig.file=/path/to/your.conf -jar cromwell-[VERSION].jar server

Cromwell应该会正常启动。由于您尚未实际覆盖任何值,Cromwell应该会以相同的设置运行。

设置配置值

要覆盖配置值,您可以在配置文件中指定新值。例如,假设您想将cromwell默认监听的端口从8000更改为8080。在配置文件中您可以设置:

# below the include line from before
webservice {
  port = 8080
}

当你随后运行Cromwell更新后的配置文件时,cromwell将开始监听8080或8000端口。

查找更多配置属性

除了configuration页面上列出的常见配置属性外,cromwell.examples.conf中还注释了大量示例配置片段,以及cromwell.example.backends中的后端提供程序示例。

cromwell.examples.conf.

后续步骤

完成本教程后,您可能会对以下页面感兴趣: