igraph.drawing.graph.CytoscapeGraphDrawer

class documentation

class CytoscapeGraphDrawer(AbstractXMLRPCDrawer, AbstractGraphDrawer): (source)

构造函数: CytoscapeGraphDrawer(url)

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使用CytoscapeRPC向/从Cytoscape发送/接收图形的图形绘制器。

此图形绘制器与Cytoscape合作，使用CytoscapeRPC。您需要首先安装CytoscapeRPC插件，并从Cytoscape的适当插件子菜单中启动XML-RPC服务器，端口号为9000（默认）。

图形、顶点和边的属性在可能的情况下（即当Python类型和Cytoscape类型之间存在合适的映射时）会传输到Cytoscape。如果没有适合Cytoscape类型的Python类型，绘制器将在Cytoscape端使用字符串属性，并在Python属性上调用str()。

如果要在Cytoscape端创建的属性已经存在且类型不同，将在属性名称后附加下划线以解决类型冲突。

你可以使用这个类的network_id属性来找出用这个绘图器绘制的最后一个图的网络ID。

静态方法 infer_cytoscape_type 返回一个Cytoscape类型，该类型可用于表示values中的所有值，并返回一个适合XML-RPC调用的适当转换的values副本。请注意，Cytoscape中的字符串类型用作通用类型；如果没有其他类型适合，属性值将被转换为字符串，然后发布到Cytoscape。
方法 __init__ 使用给定URL的Cytoscape的XML-RPC接口构造一个Cytoscape图形绘制器。
方法 draw 将给定的图形作为新网络发送到Cytoscape。
方法 fetch 从Cytoscape获取具有给定名称的网络。
实例变量 network_id 未记录

继承自 AbstractXMLRPCDrawer:

实例变量 server 未记录
实例变量 service 未记录
静态方法 _resolve_hostname 解析给定的URL，将主机名解析为IP地址，并返回一个包含解析后IP地址的新URL。这在Mac OS X上大大加快了速度，否则每次XML-RPC调用都会执行IP查找。

继承自 AbstractGraphDrawer (通过 AbstractXMLRPCDrawer):

静态方法 ensure_layout 确保 layout 是 Layout 实例的辅助方法。如果不是，该方法将尝试根据以下规则将其转换为 Layout：
静态方法 _determine_edge_order 返回给定图的边必须绘制的顺序，假设相关的关键字参数（edge_order 和 edge_order_by）在 kwds 中以字典形式给出。如果既没有 edge_order...
静态方法 _determine_vertex_order 返回给定图的顶点必须绘制的顺序，假设相关的关键字参数（vertex_order 和 vertex_order_by）在 kwds 中以字典形式给出。如果两者都没有...
@staticmethod
def infer_cytoscape_type(values): (source)

返回一个Cytoscape类型，可用于表示values中的所有值，以及适合XML-RPC调用的values的适当转换副本。请注意，Cytoscape中的字符串类型被用作通用类型；如果没有其他类型适合，属性值将被转换为字符串，然后发布到Cytoscape。

None 条目在 values 中是允许的，它们将在 Cytoscape 端被忽略。

def __init__(self, url='http://localhost:9000/Cytoscape'): (source)
overrides igraph.drawing.baseclasses.AbstractXMLRPCDrawer.__init__

使用给定URL的Cytoscape的XML-RPC接口构建一个Cytoscape图形绘制器。

def draw(self, graph, name='Network from igraph', create_view=True, *args, **kwds): (source)
overrides igraph.drawing.baseclasses.AbstractGraphDrawer.draw

将给定的图形作为新网络发送到Cytoscape。

参数
graph未记录
nameCytoscape中网络的名称。
create_view是否在Cytoscape中为网络创建视图。默认值为True。
*args未记录
node_ids指定在Cytoscape中使用的节点的标识符。这必须是顶点属性的名称或指定标识符的列表，每个节点一个。默认值为None，它简单地使用每个顶点的顶点索引。
def fetch(self, name=None, directed=False, keep_canonical_names=False): (source)

从Cytoscape中获取具有给定名称的网络。

从Cytoscape获取网络时，默认情况下不会转换顶点和边的canonicalName属性。使用keep_canonical_names参数也可以检索这些属性。

参数
nameCytoscape中网络的名称。
directed网络是否是有向的。
keep_canonical_names是否保留由Cytoscape自动添加的canonicalName顶点/边属性
返回
一个适当构建的igraph Graph。
network_id = (source)

未记录