安装指南 - 扩展版#
本扩展指南提供了安装PyGraphistry的详细说明,包括增强性能和功能的可选配置。
GPU 模式系统要求(可选)#
Nvidia RAPIDS: PyGraphistry 主要与 Nvidia RAPIDS 对齐,因此请检查您的系统是否符合他们的要求:
Volta 代 GPU 或更新版本 是当前 Nvidia RAPIDS 的最低要求。
cuDF: 必需。
cuML, cuGraph: 推荐。
PyTorch: PyGraphistry[AI] 进一步与 PyTorch 对齐,以支持其一些更高级的方法。
核心依赖项(默认安装)#
PyGraphistry 依赖于一小部分标准的基于CPU的Python数据科学库,如pandas、pyarrow和numpy。如果您的系统缺少这些依赖项,它们将自动安装。
可选依赖项#
PyGraphistry 支持多种可选依赖项以扩展其功能。
使用RAPIDS进行GPU加速#
要为DataFrames和图分析启用GPU加速,请从NVIDIA RAPIDS套件中安装cuDF、cuML和cuGraph。
按照NVIDIA RAPIDS 安装指南中的说明进行操作。
额外的可选依赖项#
以下许多内容可以在CPU模式和GPU模式下使用。
AI库:
torch (1GB+): PyTorch 及相关库,用于 PyGraphistry AI 包中的高级 AI 方法。
安装方法:
pip install graphistry[ai]
图形库:
networkx: 与NetworkX图表的集成。
安装方法:
pip install graphistry[networkx]
igraph: 支持 igraph 图。
安装方法:
pip install graphistry[igraph]
pygraphviz: 使用Graphviz布局渲染图形。
安装方法:
pip install graphistry[pygraphviz]
图数据库和协议:
gremlinpython: 使用Gremlin图数据库。
安装方法:
pip install graphistry[gremlin]
neo4j, neotime: 通过Bolt协议连接到Neo4j。
安装方法:
pip install graphistry[bolt]
数据格式:
openpyxl, xlrd: 读取NodeXL文件。
安装方法:
pip install graphistry[nodexl]
机器学习与人工智能:
umap-learn, dirty-cat, scikit-learn: 用于降维和聚类。
安装方法:
pip install graphistry[umap-learn]
scipy, dgl, torch<2, sentence-transformers, faiss-cpu, joblib: 高级人工智能功能。
安装方法:
pip install graphistry[ai]
Jupyter 支持:
ipython: 增强的Jupyter笔记本集成。
安装方法:
pip install graphistry[jupyter]
安装多个附加组件#
您可以通过列出多个附加组件并用逗号分隔来安装它们:
pip install graphistry[networkx,umap-learn]
安装所有可选依赖项#
安装所有可选的依赖项(由于大小和潜在的冲突,通常不推荐):
pip install graphistry[all]
常见问题#
我需要服务器吗?#
不,你可以在本地运行GFQL和其他PyGraphistry的CPU和GPU组件。要使用完整的可视化功能,你需要访问Graphistry服务器。
选项:
Graphistry Hub: 使用位于 hub.graphistry.com 的公共 Graphistry Hub。
自托管服务器:按照Graphistry CLI 管理指南中的部署说明设置您自己的Graphistry服务器。
我可以在没有GPU支持的情况下使用PyGraphistry吗?#
是的,PyGraphistry 可以在没有 GPU 支持的情况下使用。
GPU加速:要利用GPU加速,请安装可选的GPU库,如cuDF,并确保拥有兼容的硬件。
安装可选依赖项的好处是什么?#
增强功能:支持不同的图形格式、高级分析、机器学习以及与各种工具和数据库的集成。例如,对于需要仔细布局小树的可视化用户,我们推荐pygraphviz,而对于需要处理大量GFQL工作负载的用户,我们推荐RAPIDS。
自定义: 仅安装您特定用例所需的内容。
如何安装开发依赖项?#
对于希望参与PyGraphistry本身的贡献者和开发者,我们推荐使用Docker,或者进行本地开发:
安装方法:
pip install graphistry[dev]
包括: 测试工具、文档工具和其他开发依赖项,如 flake8, pytest, sphinx 等。
参考文献#
PyGraphistry GitHub 仓库: graphistry/pygraphistry
Graphistry 入门指南: https://www.graphistry.com/get-started
Graphistry CLI 管理员指南: graphistry/graphistry-cli
NVIDIA RAPIDS 安装指南: https://rapids.ai/start.html
Graphistry 文档: https://hub.graphistry.com/docs/
祝您绘图愉快!