生物医学CURIE表示法

class BiomedicalCURIERepresentation(identifiers: Sequence[str], cache: TextCache | None = None, **kwargs)

基础类：CachedTextRepresentation

基于生物医学CURIEs的数据集的文本表示。

每个实体的标签和描述通过pyobo获取，使用 pykeen.nn.utils.PyOBOCache并通过TextRepresentation进行编码。

示例用法：

from pykeen.datasets import get_dataset
from pykeen.models import ERModel
from pykeen.nn import BiomedicalCURIERepresentation
from pykeen.pipeline import pipeline
import bioontologies

# Generate graph dataset from the Monarch Disease Ontology (MONDO)
graph = bioontologies.get_obograph_by_prefix("mondo").squeeze(standardize=True)
triples = (edge.as_tuple() for edge in graph.edges)
triples = [t for t in triples if all(t)]
triples = TriplesFactory.from_labeled_triples(np.array(triples))
dataset = Dataset.from_tf(triples)

entity_representations = BiomedicalCURIERepresentation.from_dataset(
    dataset=dataset, encoder="transformer",
)
result = pipeline(
    dataset=dataset,
    model=ERModel,
    model_kwargs=dict(
        interaction="distmult",
        entity_representations=entity_representations,
        relation_representation_kwargs=dict(
            shape=entity_representations.shape,
        ),
    ),
)

— 名称: 生物医学CURIE文本编码

初始化表示。

Parameters:

• 标识符 (序列[str]) – 由类解析的ID，例如，wikidata ID。对于 WikidataTextRepresentation， 生物医学实体表示为紧凑的URI（CURIEs）对于 BiomedicalCURIERepresentation

• 缓存 (TextCache | 无) – 一个预先实例化的文本缓存。如果为None，则使用cache_cls来实例化一个。

• kwargs – 传递给 TextRepresentation.__init__() 的额外基于关键字的参数