数据集

果蝇幼虫蘑菇体

graspologic.datasets.load_drosophila_left(return_labels=False)

加载左侧果蝇幼虫蘑菇体连接组

蘑菇体是果蝇大脑中的一个学习和记忆中心，参与感觉整合和处理。这个连接组通过电子显微镜观察，然后重建了单个神经元；这些神经元之间的突触伙伴关系成为图的边。

Parameters:

return_labelsbool, optional (default=False)

是否具有第二个返回值，该返回值是邻接矩阵中每个节点的单元类型标签数组

Returns:

graphnp.ndarray

连接组的邻接矩阵

labelsnp.ndarray

仅在 return_labels 为 true 时返回。每个单元格（顶点）的字符串标签数组

Parameters:

return_labels (bool)

Return type:

ndarray | tuple[ndarray, ndarray]

参考文献

[1]

Eichler, K., Li, F., Litwin-Kumar, A., Park, Y., Andrade, I., Schneider-Mizell, C. M., ... & Fetter, R. D. (2017). 昆虫大脑中学习和记忆中心的完整连接组。Nature, 548(7666), 175.

graspologic.datasets.load_drosophila_right(return_labels=False)

加载正确的果蝇幼虫蘑菇体连接组

蘑菇体是果蝇大脑中的一个学习和记忆中心，参与感觉整合和处理。这个连接组通过电子显微镜观察，然后重建了单个神经元；这些神经元之间的突触伙伴关系成为图的边。

Parameters:

return_labelsbool, optional (default=False)

是否具有第二个返回值，该返回值是邻接矩阵中每个节点的单元类型标签数组

Returns:

graphnp.ndarray

连接组的邻接矩阵

labelsnp.ndarray

仅在 return_labels 为 true 时返回。每个单元格（顶点）的字符串标签数组

Parameters:

return_labels (bool)

Return type:

ndarray | tuple[ndarray, ndarray]

参考文献

[1]

Eichler, K., Li, F., Litwin-Kumar, A., Park, Y., Andrade, I., Schneider-Mizell, C. M., ... & Fetter, R. D. (2017). 昆虫大脑中学习和记忆中心的完整连接组。Nature, 548(7666), 175.

杜克小鼠全脑连接组

graspologic.datasets.load_mice()

加载不同基因型小鼠的连接组。

数据集包含32个小鼠连接组，这些连接组来源于四种不同基因型小鼠的全脑扩散磁共振成像：BTBR T+ Itpr3tf/J (BTBR)、C57BL/6J(B6)、CAST/EiJ (CAST) 和 DBA/2J (DBA2)。对于每种品系，连接组是从八只年龄匹配的小鼠中生成的（每种品系N = 8），性别分布为四只雄性和四只雌性。每个连接组使用不对称的Waxholm空间进行分区，产生一个顶点集，总共有332个感兴趣区域（ROIs），这些区域在左右半球对称分布。在给定的半球内，有七个由多个ROIs组成的超结构，导致每个连接组中共有14个不同的社区。

Returns:

dataBunch

类似字典的对象，具有以下属性。

graphslist of np.ndarray

连接组的邻接矩阵列表

labelsnp.ndarray

每个小鼠（受试者）的字符串标签数组

atlaspd.DataFrame

每个ROI的信息的DataFrame

blockspd.DataFrame

每个ROI的块分配DataFrame

featurespd.DataFrame

每个连接组中每个ROI的解剖特征DataFrame

participantspd.DataFrame

每个连接组的主体ID和基因型的DataFrame

metaDictionary

包含数据集元信息的字典（n_subjects 和 n_vertices）

Return type:

Bunch

参考文献

[1]

Wang, N., Anderson, R. J., Ashbrook, D. G., Gopalakrishnan, V., Park, Y., Priebe, C. E., ... & Johnson, G. A. (2020). 小鼠大脑结构的变异性和遗传性：多种品系的显微MRI图谱和连接组。NeuroImage. https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2020.117274