igraph.Dendrogram

class documentation

class Dendrogram: (source)

已知子类：igraph.VertexDendrogram

构造函数: Dendrogram(merges)

某些数据集的分层聚类（树状图）。

层次聚类意味着我们不仅知道元素如何被分成组，还知道单个元素如何被合并成更大子组的确切历史。

这个类内部通过一个具有n行和2列的矩阵来表示层次结构——更准确地说，是一个大小为2的列表的列表。这与igraph的C核心使用的原始格式完全相同。矩阵的第i行包含在时间步骤i中被连接的两个簇的索引。联合组将由ID n + i表示，其中i从1开始。联合组的ID将在接下来的步骤中被引用，而不是其任何单个成员。因此，小于或等于n的ID（其中n是矩阵中的行数）表示数据集的原始成员（ID从0到n），而大于n + 1的ID表示联合组。例如，看一下五个节点的给定聚类的树状图和内部表示：

  0 -+
     |
  1 -+-+
       |
  2 ---+-+        <====>   [[0, 1], [3, 4], [2, 5], [6, 7]]
         |
  3 -+   |
     |   |
  4 -+---+---

方法	`__init__`	创建一个层次聚类。
方法	`__plot__`	在给定的Cairo上下文或matplotlib轴上绘制树状图。
方法	`__str__`	未记录
方法	`format`	将树状图格式化为外部格式。
方法	`names.setter`	设置树状图中节点的名称
方法	`summary`	返回树状图的摘要。
属性	`merges`	返回以矩阵格式执行的合并
属性	`names`	返回树状图中节点的名称
静态方法	`_convert_matrix_to_tuple_repr`	将聚类的矩阵表示转换为元组表示。
方法	`_traverse_inorder`	对合并树进行中序遍历。
实例变量	`_merges`	未记录
实例变量	`_names`	未记录
实例变量	`_nitems`	未记录
实例变量	`_nmerges`	未记录

def __init__(self, merges): (source) ¶

overridden in igraph.VertexDendrogram

创建层次聚类。

参数
merges	合并历史，可以是矩阵或元组格式

def __plot__(self, backend, context, *args, **kwds): (source) ¶

overridden in igraph.VertexDendrogram

在给定的Cairo上下文或matplotlib Axes上绘制树状图。

支持的关键字参数有：

orientation: the orientation of the dendrogram. Must be one of the following values: left-right, bottom-top, right-left or top-bottom. Individual elements are always placed at the former edge and merges are performed towards the latter edge. Possible aliases: horizontal = left-right, vertical = bottom-top, lr = left-right, rl = right-left, tb = top-bottom, bt = bottom-top. The default is left-right.

def __str__(self): (source) ¶

未记录

def format(self, format='newick'): (source) ¶

以外来格式格式化树状图。

目前仅支持Newick格式。

示例：

>>> d = Dendrogram([(2, 3), (0, 1), (4, 5)])
>>> d.format()
'((2,3)4,(0,1)5)6;'
>>> d.names = list("ABCDEFG")
>>> d.format()
'((C,D)E,(A,B)F)G;'

@names.setter
def names(self, items): (source) ¶

设置树状图中节点的名称

def summary(self, verbosity=0, max_leaf_count=40): (source) ¶

返回树状图的摘要。

摘要包括叶子和分支的数量，以及树状图的ASCII艺术表示，除非它太大。

参数
verbosity	决定是否应打印树状图的ASCII表示。零详细程度仅打印叶子和分支的数量。
max_leaf_count	在ASCII表示中打印的最大叶子数。如果树状图的叶子数超过此限制，即使详细程度大于或等于1，也不会打印ASCII表示。
返回
树状图的摘要作为字符串。