期刊格式

人工智能在医疗保健中的应用

引言

人工智能（AI）正在迅速改变医疗保健行业。通过利用机器学习、自然语言处理和计算机视觉等技术，AI能够分析大量数据，提供个性化治疗方案，并提高诊断准确性。本文探讨了AI在医疗保健中的各种应用，包括诊断、治疗和患者管理。

诊断

AI在诊断中的应用主要集中在图像分析和数据挖掘。例如，AI算法可以分析医学影像（如X射线、CT扫描和MRI），以检测疾病迹象。此外，AI还可以分析电子健康记录（EHR），识别患者数据中的模式，从而辅助医生进行早期诊断。

医学影像分析

AI在医学影像分析中的应用已经取得了显著进展。深度学习算法能够识别影像中的细微差异，帮助医生更早地发现疾病。例如，AI系统在检测乳腺癌和肺癌方面已经显示出比传统方法更高的准确性。

电子健康记录分析

AI还可以通过分析电子健康记录来辅助诊断。通过挖掘患者的历史数据，AI可以识别出潜在的健康风险因素，并提供个性化的预防建议。此外，AI还可以帮助医生识别出可能被忽视的疾病模式。

治疗

AI在治疗中的应用包括个性化治疗方案的制定和药物研发。通过分析患者的基因信息和临床数据，AI可以为每位患者量身定制最佳治疗方案。此外，AI还可以加速新药的研发过程，减少时间和成本。

个性化治疗

个性化治疗是AI在医疗保健中的一个重要应用领域。通过分析患者的基因组数据和临床表现，AI可以预测患者对不同治疗方法的反应，从而制定出最有效的治疗方案。例如，AI已经被用于预测癌症患者对特定药物的反应。

药物研发

AI在药物研发中的应用正在改变传统的药物开发过程。通过利用机器学习算法，AI可以筛选出最有潜力的药物候选分子，并预测其药效和副作用。这不仅加速了新药的研发过程，还降低了研发成本。

患者管理

AI在患者管理中的应用包括远程监控、健康预测和患者教育。通过利用可穿戴设备和传感器，AI可以实时监控患者的健康状况，并提供及时的干预措施。此外，AI还可以预测患者的健康风险，帮助医生制定预防策略。

远程监控

远程监控是AI在患者管理中的一个重要应用。通过使用可穿戴设备和传感器，AI可以实时收集患者的生理数据，并将其传输到医疗中心。这使得医生能够远程监控患者的健康状况，并在必要时提供及时的干预。

健康预测

AI还可以通过分析患者的健康数据来预测未来的健康风险。例如，AI可以分析患者的血压、血糖和心率数据，预测其患心血管疾病的风险。这使得医生能够提前采取预防措施，降低疾病发生的可能性。

患者教育

AI还可以用于患者教育，帮助患者更好地理解和管理自己的健康。通过提供个性化的健康建议和教育内容，AI可以帮助患者养成健康的生活习惯，并提高其对治疗的依从性。

结论

人工智能在医疗保健中的应用正在改变传统的医疗模式，提高了诊断的准确性、治疗的个性化和患者管理的效率。随着技术的不断进步，AI将在未来继续发挥重要作用，推动医疗保健行业的发展。

概述

本文提供了一份创建自定义期刊格式的指南。作为本指南的补充，我们还推荐以下学习资源：

  • quarto-journals GitHub组织提供的期刊文章格式的源代码。

  • 用于创建新期刊格式的GitHub模板仓库。模板仓库中的代码经过详细注释，因此使用此模板创建新仓库并进行实验是学习的好方法。

期刊自定义格式可以像普通的Quarto格式（例如pdf和html）一样使用：

你可以在format键下像内置格式一样指定自定义格式。例如：

----
title: "我的文档"
format:
   acm-pdf: 
     toc: true
---

所有自定义格式都派生自一种基础格式，并包含该基础格式作为后缀。格式还可以提供多个变体，这些变体派生自不同的基础格式。例如：

----
title: "我的文档"
toc: true
format:
   acm-pdf: default
   acm-html: default
---

请注意，我们将toc选项移到了顶层，因为它在两种格式之间是共享的。

自定义格式也可以与quarto render的--to参数一起使用。例如：

终端
quarto render document.qmd --to acm-pdf

快速开始

在这里，我们将描述如何创建一个简单的期刊文章格式扩展。我们将使用quarto create命令来完成此操作。如果你使用的是VS Code或RStudio，你应该在其各自的集成终端窗格中执行quarto create。

要开始，请在你希望创建格式的父目录中执行quarto create extension journal：

终端
$ quarto create extension journal
 ? 扩展名称 › aps

如上所示，系统会提示你输入扩展名称。键入aps（一个虚构学术协会的缩写）并按下回车——期刊格式扩展随即创建：

在/Users/jjallaire/quarto/dev/aps创建扩展:
  - 创建了README.md
  - 创建了template.qmd
  - 创建了_extensions/aps/aps.lua
  - 创建了_extensions/aps/styles.css
  - 创建了_extensions/aps/_extension.yml
  - 创建了_extensions/aps/header.tex
  - 创建了bibliography.bib

如果你在VS Code或RStudio中运行，将会打开一个新的窗口，显示扩展项目。

以下是_extensions/aps/目录中文件的内容示例：

_extensions/aps/_extension.yml
title: Aps
author: J.J. Allaire
version: 1.0.0
quarto-required: ">=1.2.222"
contributes:
  formats:
    common:
      toc: true
      filters:
        - aps.lua
    pdf:
      include-in-header: header.tex
    html:
      css: styles.css

主要的_extension.yml配置文件定义了此期刊可用的输出格式。这里我们定义了pdf和html格式，分别可作为aps-pdf和aps-html供Quarto文档使用。

配置文件还指向了一些用于自定义期刊文章外观的其他文件：

  • header.tex — 自定义LaTeX头部指令

  • styles.css — HTML输出的自定义CSS

  • aps.lua — 用于各种自定义转换的Lua过滤器

最后，template.qmd提供了一个格式用户的基础示例文章：

template.qmd
---
title: Aps 模板
format:
  aps-pdf:
    keep-tex: true  
  aps-html: default
author:
  - name: Sarah Malloc
    affiliations:
      - name: An Organization
        department: The Department
        address: 1 Main St
        city: Boston
        country: USA
        postal-code: 02210-1022
      - A second affiliation
    orcid: 0000-0000-0000-0000
    email: sm@example.org
    url: https://example.org/
  - name: Eliza Dealloc
    affiliations:
      - Another Affiliation
abstract: |
  本文档是一个展示Aps格式的模板。
keywords: [模板, 演示]
bibliography: bibliography.bib  
---

## 引言 {#sec-intro}

*待办* 创建一个模板，展示你的格式的外观、格式、布局和功能。了解更多关于期刊格式的信息，请访问<https://quarto.org/docs/journals/>。

要开发你的格式，请渲染/预览template.qmd，然后在_extensions目录中的各个文件中进行更改（当你更改这些文件时，预览会自动刷新）。

示例：ACM格式

上面的快速开始创建了一个非常简单的期刊文章格式。在这里，我们将介绍一个更复杂的示例，即ACM格式，可从quarto-journals获得。 在进入示例之前，我们建议您先阅读以下文章，这些文章涵盖了示例中将用到的一些基础内容：

格式组件

以下是ACM扩展的源代码仓库的结构：

.gitignore
.quartoignore
LICENSE
README.md
bibliography.bib
template.qmd
_extensions/
  acm/
    _extension.yml
    acm_proc_article-sp.cls
    sensys-abstract.cls
    include-in-header.tex
    acm-sig-proceedings.csl
    partials/
      doc-class.tex
      title.tex
      before-bib.tex

目前我们暂时忽略_extensions目录之上的所有文件（这些文件并不严格属于扩展的一部分，而是提供文档和启动模板——我们将在下面描述它们的用途）。

  • _extensions目录包含一个或多个扩展——在这种情况下，它包含acm格式扩展。

  • _extension.yml文件声明了格式扩展，并为为此格式创建的文章提供默认元数据和选项（我们将在下面深入探讨其内容）。

  • acm_proc_article-sp.cls和sensys-abstract.cls文件是ACM使用的LaTeX类文件。

  • include-in-header.tex文件提供了一些标准内容，包含在ACM文章的前言中。

  • acm-sig-proceedings.csl是一个引用样式语言（CSL）文件，用于根据ACM的标准渲染引用和参考文献。

  • partials目录包含一些.tex文件，这些文件覆盖了标准Pandoc LaTeX模板的各种部分（详见文章模板了解关于partials的更多信息）。

以下是_extension.yml文件的内容：

title: ACM Journal Format
author: Charles Teague
version: 0.1.0
quarto-required: ">=1.2.0"
contributes:
  format:
    common:
      csl: acm-sig-proceedings.csl
      number-sections: true
    pdf:
      shift-heading-level-by: -1
      template-partials:
        - partials/before-bib.tex
        - partials/doc-class.tex
        - partials/title.tex
      include-in-header:
        - include-in-header.tex

如您所见，_extensions/acm文件夹中的许多文件都在这里被引用。另请注意，虽然为pdf格式声明了几个选项，但common中也有一些选项——这些选项将应用于pdf，并且当开发其他格式变体（例如HTML）时也将应用。

格式模板

现在让我们回到_extensions目录之外的文件。LICENSE和README.md文件提供了应该包含在所有扩展中的良好形式的文档。.gitignore文件将选定的文件排除在版本控制之外。其余文件提供了一个格式模板，使用户更容易开始使用您的格式。

对于任何包含template.qmd的自定义格式，用户可以通过如下命令开始使用该格式：

Terminal
quarto use template quarto-journals/acm

ACM模板中包含的文件有：

  • template.qmd是使用该格式的启动模板。以下是模板YAML文档选项的示例：

    ---
title: Short Paper
author:
  - name: Alice Anonymous
    email: alice@example.com
    affiliation: Some Institute of Technology
  - name: Bob Security
    email: bob@example.com
    affiliation: Another University
abstract: |
  This is the abstract.
  It consists of two paragraphs.
format:
  acm-pdf: 
    keep-tex: true  
bibliography: bibliography.bib
---

  • bibliography.bib是一个示例参考文献，由template.qmd引用

请注意，此处使用的作者信息架构相对简单。参见文章作者与机构了解更复杂的作者信息架构。

您还可以在template.qmd旁边包含其他文件，它们也将被复制。请注意，默认情况下，Quarto在复制扩展模板时会排除常见的Github仓库文件。这包括任何以.开头的文件名或目录（例如.gitignore）、README.md、LICENSE等。如果您愿意，可以在仓库的根目录下放置一个.quartoignore文件，每行文件描述要忽略的文件（使用类似于.gitignore文件的语法）。

分发格式

你可以通过以下两种方式之一分发格式扩展：

  1. 作为包含格式文件和 template.qmd 的模板（template.qmd 会自动重命名为与所在目录同名）。

  2. 作为没有模板结构的纯格式（这对于将格式添加到现有文档或项目中很有用）。

如果你有一个包含上述文件的 GitHub 仓库，用户可以按照以下方式安装你的扩展和相关模板（其中 quarto-journals 是托管该仓库的 GitHub 组织）：

Terminal
quarto use template quarto-journals/acm

这通常是开始使用格式时的首选方式，因为它为用户提供了一个开箱即用的工作文档。如果你正在处理现有项目，也可以只安装格式：

Terminal
quarto add quarto-journals/acm

请注意，可以将扩展打包并分发为简单的 gzip 存档（而不是像上面描述的那样使用 GitHub 仓库）。有关更多详细信息，请参阅分发扩展的文章。

多格式支持

单个格式扩展可以支持多种输出格式。例如，一个扩展可能针对 html 和 pdf 输出。要在扩展中支持多种格式，你可以像这样向 contributes / format 键添加其他基础格式：

contributes:
  format:
    html:
      # html 特定选项
    pdf:
      # pdf 特定选项

通用元数据

如果你的格式扩展针对任何输出格式时都有共同的元数据，你可以将该元数据放在 common 键下。例如：

contributes:
  format:
    common:
      filters:
        - filter.lua
      shortcodes:
        - quarto-ext/fancy-text
    html:
      # html 特定
    pdf:
      # pdf 特定

格式资源

通常，你可以通过将这些文件放在扩展目录中，并在 _extension.yml 元数据文件中使用相对路径来引用它们，从而在格式扩展中包含其他文件和资源。这些相对路径将在扩展的元数据与渲染文档的元数据合并时得到正确处理。

如果你需要将某些资源复制到输入目录中作为渲染文档的一部分（例如，LaTeX 参考文献的 bst 文件或从 LaTeX 模板引用的徽标或其他文件），你可以提供 format-resources，这是一个文件路径列表1。这些文件将在文档渲染时被复制到包含输入的目录中。例如：

contributes:
  format:
    pdf:
      format-resources:
        - plos2015.bst

扩展嵌入

在某些情况下，格式扩展会希望使用其他扩展。这是允许的，但必须在特殊命令行标志下添加扩展，以确保它们被正确嵌入。

Terminal
quarto create extension format:pdf myformat
cd myformat
quarto add quarto-ext/fancy-text --embed myformat

例如，我们希望使 fancy-text 扩展（为 \(\LaTeX\) 和 BibTEX 提供特殊格式）对 jss 自定义格式的用户可用：

Terminal
quarto add quarto-ext/fancy-text --embed jss

这将产生以下输出：

Output
quarto-journals/jss
└── _extensions
    └── jss
        ├── _extensions
        │   └── quarto-ext
        │       └── fancy-text
        └── partials

这会将 quarto-ext/fancy-text 扩展添加到 jss 扩展的 _extensions 文件夹中。通过嵌入扩展，你可以在不与用户可能已安装的其他版本的扩展发生潜在冲突的情况下使其可用。

深入学习

以下是一些您可能会觉得有价值的额外学习资源：

  • quarto-journals GitHub组织提供的期刊文章格式源代码。

  • GitHub模板仓库用于创建新的期刊格式。模板仓库中的代码有详细的注释，因此通过使用此模板创建新的仓库并进行实验是学习的好方法。

  • 深入探讨为期刊创建文章模板（包括如何使用部分来组合模板）

  • 审查用于表达和渲染作者与机构的架构和选项。

Footnotes

  1. 这在基于 PDF 的格式中最为常见，这些格式在将 Pandoc 生成的 LaTeX 转换为 PDF 时有一个次要步骤。如果 LaTeX 间接引用了某些文件，它们需要可被发现，并且通常应被复制到包含 LaTeX 输入的同一目录中。↩︎