安装CDlib

CDlib 需要 python>=3.8。

要安装我们库的最新版本,请下载(或克隆)当前项目,打开终端,并运行以下命令:

pip install -r requirements.txt
pip install -r requirements_optional.txt # (Optional) This might not work in Windows systems due to C-based dependencies.
pip install .

或者,使用 pip

pip install cdlib

或 conda

conda create -n cdlib python=3.9
conda config --add channels giuliorossetti
conda config --add channels conda-forge
conda install cdlib

您可以直接从GitHub仓库安装开发版本

pip install git+https://github.com/GiulioRossetti/cdlib.git

可选依赖项

PyPi 包

默认安装不包括可选依赖项(例如,graph-tool),以简化安装过程。如果您需要它们,可以手动安装或运行以下命令:

pip install 'cdlib[C]'

此选项对GNU/Linux用户安全,将安装所有需要C代码编译的可选依赖项。

pip install 'cdlib[pypi]'

此选项将安装那些在conda/conda-forge上不可用的所有可选依赖项。

pip install 'cdlib[all]'

此选项将安装所有可通过标志C和pypi访问的可选依赖项。

高级

由于严格的要求,安装可选依赖项的子集被排除在之前的程序之外。

graph-tool

CDlib 集成了由 graph-tool 提供的 SBM 模型支持。 要安装它,请参考官方的 文档 并安装 conda-forge 版本的包(如果在 Unix 系统中,则安装 deb 版本)。

ASLPAw

自从2.1.0版本发布以来,ASLPAw依赖于gmpy2,由于一些C依赖,通过pip安装难以自动化。 为了解决这个问题,请测试以下方法:

conda install gmpy2
pip install shuffle_graph>=2.1.0 similarity-index-of-label-graph>=2.0.1 ASLPAw>=2.1.0

如果ASLPAw安装失败,请参考官方的gmpy2 repository

可选依赖项(Conda 包)

CDlib 依赖于一些无法通过 conda 获取的包:要安装它们,请使用 pip。

pip install pycombo
pip install GraphRicciCurvature
conda install gmpy2
pip install shuffle_graph>=2.1.0 similarity-index-of-label-graph>=2.0.1 ASLPAw>=2.1.0

如果ASLPAw安装失败,请参考官方的gmpy2仓库repository