anndata - 注释数据#
anndata 是一个用于处理内存和磁盘中注释数据矩阵的 Python 包，位于 pandas 和 xarray 之间。anndata 提供了一系列计算有效的功能，包括稀疏数据支持、延迟操作，以及 PyTorch 接口等。
讨论在 GitHub 上的开发。
阅读文档。
在scverse Discourse上提问。
通过
pip install anndata或conda install anndata -c conda-forge安装。有关与单细胞数据相关的使用，请参见 Scanpy 的文档。anndata 最初是为 Scanpy 构建的。
anndata 是 scverse 项目的一部分 (website, governance)，并由 NumFOCUS 财政赞助。请考虑进行税前扣除的 donation，以帮助项目支付开发人员的时间、专业服务、旅行、研讨会及其他各种需求。
公共API#
我们的公共API在这些文档的API部分有记录。我们不能保证我们内部API的稳定性，无论是函数的位置、它的参数，还是其他内容。换句话说，我们并不正式支持（或鼓励用户这样做）类似于from anndata._core import AnnData的做法，因为_core既没有文档说明，也包含了前导下划线。然而，我们知道许多用户确实在使用这些内部API，因此鼓励他们提交问题或迁移到公共API。如果我们的公共API中缺少文档所述的内容，例如您希望公开导出的功能，请提交问题。
引用#
如果您在工作中使用 anndata，请引用 anndata 的出版物，方式如下：
anndata: 注释数据
艾萨克·维尔舒普，谢尔盖·里巴科夫，法比安·J·泰斯，菲利普·安格雷尔，F·亚历山大·沃尔夫
JOSS 2024年9月16日。doi: 10.21105/joss.04371.
您可以按如下方式引用scverse出版物：
scverse项目提供了一个用于单细胞组学数据分析的计算生态系统
艾萨克·维尔舒普, 丹尼拉·布雷迪欣, 卢卡斯·赫莫斯, 乔瓦尼·帕拉, 格雷戈尔·施图尔姆, 亚当·盖约索, 伊利亚·卡茨, 米凯拉·库特鲁利, Scverse 社区, 邦妮·伯杰, 达娜·佩尔, 阿维夫·雷戈夫, 莎拉·A·泰希曼, 弗朗西斯卡·菲诺泰洛, F·亚历山大·沃尔夫, 尼尔·约瑟夫, 奥利弗·斯特格尔 & 法比安·J·泰斯
纳米生物技术。 2023年4月10日. doi: 10.1038/s41587-023-01733-8.
最新添加#
请查看 发布说明,
特别是 版本 0.10 的当前发布,
以及 即将发布的 .feature 组件，
新闻#
穆粒子论文发布 2022-02-02#
Muon 已在《基因组生物学》中发表 [Bredikhin22]。Muon 是一个构建在 AnnData 之上的多模态数据框架。
以 h5ad 形式分发的 COVID-19 数据集 2020-04-01#
在一个联合倡议中，威康桑格研究所、人类细胞图谱和CZI通过anndata的 h5ad 文件分发与COVID-19相关的数据集： covid19cellatlas.org。