QM9数据集
- class dgl.data.QM9Dataset(label_keys, cutoff=5.0, raw_dir=None, force_reload=False, verbose=False, transform=None)[source]
Bases:
DGLDataset用于图属性预测（回归）的QM9数据集
该数据集由130,831个分子组成，包含12个回归目标。 节点对应原子，边对应邻近的原子对。
- This dataset differs from
QM9EdgeDatasetin the following aspects: 此数据集中的边纯粹基于距离。
它仅提供原子的坐标和原子序数作为节点特征
它只提供了12个回归目标。
参考：
统计：
图表数量：130,831
回归目标的数量：12
键
属性
描述
单位
mu
\(\mu\)
偶极矩
\(\textrm{D}\)
alpha
\(\alpha\)
各向同性极化率
\({a_0}^3\)
同质
\(\epsilon_{\textrm{HOMO}}\)
最高占据分子轨道能量
\(\textrm{eV}\)
lumo
\(\epsilon_{\textrm{LUMO}}\)
最低未占据分子轨道能量
\(\textrm{eV}\)
间隔
\(\Delta \epsilon\)
Gap between \(\epsilon_{\textrm{HOMO}}\) and \(\epsilon_{\textrm{LUMO}}\)
\(\textrm{eV}\)
r2
\(\langle R^2 \rangle\)
电子空间范围
\({a_0}^2\)
zpve
\(\textrm{ZPVE}\)
零点振动能
\(\textrm{eV}\)
U0
\(U_0\)
0K时的内能
\(\textrm{eV}\)
U
\(U\)
298.15K时的内能
\(\textrm{eV}\)
H
\(H\)
298.15K时的焓
\(\textrm{eV}\)
G
\(G\)
298.15K时的自由能
\(\textrm{eV}\)
Cv
\(c_{\textrm{v}}\)
298.15K时的热容量
\(\frac{\textrm{cal}}{\textrm{mol K}}\)
- Parameters:
label_keys (list) – 回归属性的名称，应该是上表中键的子集。
cutoff (float) – 原子间相互作用的截止距离，即如果两个原子之间的距离不大于此值，则在相应的图中它们是连接的。 默认值：5.0 埃
raw_dir (str) – Raw file directory to download/contains the input data directory. Default: ~/.dgl/
force_reload (bool) – Whether to reload the dataset. Default: False
verbose (bool) – Whether to print out progress information. Default: True.
transform (callable, optional) – A transform that takes in a
DGLGraphobject and returns a transformed version. TheDGLGraphobject will be transformed before every access.
- Raises:
UserWarning – If the raw data is changed in the remote server by the author.
示例
>>> data = QM9Dataset(label_keys=['mu', 'gap'], cutoff=5.0) >>> data.num_tasks 2 >>> >>> # iterate over the dataset >>> for g, label in data: ... R = g.ndata['R'] # get coordinates of each atom ... Z = g.ndata['Z'] # get atomic numbers of each atom ... # your code here... >>>
- This dataset differs from